Niujorko požemių gyventojai vėžliukai nindzės turi stebuklingos medžiagos, nuo kurios galima virsti mutantu. Dėl šios medžiagos vėžliukai ir visa žmonija atsiduria pavojuje… Piktasis Šrederis sužino apie tokią medžiagą ir yra pasiryžęs ją gauti. Taigi vėžliukams nindzėms ir vėl tenka stoti į mūšį ir pasistengti išgelbėti pasaulį.